De Nederlandse Joseph Haydn Stichting is aangesloten bij de Internationale Joseph Haydn-Privatstiftung, die is gevestigd in Eisenstadt, Oostenrijk. Daar werkte Joseph Haydn een groot gedeelte van zijn leven als kapelmeester van de vorsten Esterházy. De Nederlandse stichting onderschrijft de doelstellingen van de internationale stichting, die zich grotendeels richten op wetenschappelijk onderzoek, het uitgeven van publicaties en het verzamelen van documentatie over Joseph Haydn en zijn werken, zijn sociale en muzikale omgeving en zijn voorlopers en leerlingen.

De stichting tracht haar doelen te bereiken door middel van:
Een nieuwsbrief: Donateurs worden middels een nieuwsbrief op de hoogte gehouden van nieuws en wetenswaardigheden betreffende Joseph Haydn (concerten, festivals, lezingen, boeken, radioprogramma's en CD's, etc.).
Inleidingen, lezingen: De stichting verzorgt voordrachten over Joseph Haydn, zijn leven en zijn werken en inleidingen bij concerten. Ook werkt de stichting mee aan radioprogramma's op Radio 4. Concerten: Tevens organiseert de stichting kamermuziekconcerten. De donateurs van de stichting krijgen korting op de prijs van de toegangskaarten.

Bestuur
Het bestuur van de stichting bestaat uit drs. Lawrence de Waal, RA (penningmeester), dr. Willem Camphuis, Sebastiaan van Eck, Julian Hartman, Marianne Lange, em. prof.dr. Dirk Versteeg (voorzitter), Henny Versteeg-van Prooijen (secretaris).

Raad van Advies
Het bestuur wordt gesteund door een raad van advies, voor het merendeel bestaande uit personen met een speciale band met Joseph Haydn en zijn werken. Van deze raad maken deel uit de musici Ronald Brautigam, Frans Brüggen, Christopher Hogwood en John Hsu. Daarnaast hebben zitting dr. Walter Reicher (secretaris van de Internationale Joseph Haydn-Privatstiftung), dr. Armin Raab (wetenschappelijk directeur van het Joseph Haydn-Institut, Keulen), mr. René Swane (notaris) en Anthony van Hoboken Jr.